扁桃体炎的致病原以溶血性链球菌为主，其他如葡萄球菌、肺炎球菌、流感杆菌以及病毒等也可引起。病原体通过飞沫儿直接接触等途径传入，平时隐藏在扁桃体小窝内，当人体因劳累、受凉或其他原因而致抵抗力减弱时，病原体迅速繁殖而引起发病。炎症自小窝开始，再遍及整个扁桃体。

急性炎症时，扁桃体实质内充血，有多形核白细胞浸润，在粘膜表面，可见黄白色斑点。扁桃体明显肿胀，并可形成多数小脓肿。小窝内由纤维素、脱落上皮和脓细胞等组成的脓性渗出物向小窝口排出，故在扁桃体小窝口可见脓点。慢性炎症的病理改变明显，淋巴细胞、网状细胞增生活跃，扁桃体肥大。小窝粘膜上皮增厚、表面角化过度或形成小溃疡。角化物、炎性渗出物、脱落上皮细胞、白细胞细菌等混合形成干酪样物的栓子，塞于小窝口。长期炎症可致扁桃体内小血管闭塞，淋巴组织变性，逐渐为结缔组织代替，此后扁桃体日益缩小，最后导致扁桃体纤维化。小窝口因瘢痕而狭窄，其内容物难以排除，常成为病灶。