血尿为膀胱肿瘤的重要症状，其鉴别诊断主要是血尿的鉴别。
1.肾、输尿管肿瘤 膀胱肿瘤的血尿与肾、输尿管肿瘤相似，均可为间歇性、无痛性血尿，且可同时存在，但膀胱肿瘤90%单独存在，膀胱肿瘤血尿可能伴有尿路刺激症状或影响排尿，血尿开始或终末加重，可能有血块或坏死组织。肾、输尿管肿瘤无膀胱刺激症状，亦不影响排尿，血尿全程均匀，亦可能有条索状或输尿管铸形血块、无坏死组织。一般经过B超、CT扫描、MRI扫描、尿路造影检查不难鉴别。
2.肾结核、膀胱结核 血尿在长期尿频以后出现，终末加重，尿量少。可伴午后潮热、盗汗、消瘦等症状。尿常规检查可能查到结核病菌。膀胱内的结核性肉芽肿有时可能误诊为膀胱肿瘤。但经组织活检可以确诊。
3.非特异性膀胱炎 已婚女性较为多见，血尿突然发生，但血尿发生在尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状之后。
4.腺性膀胱炎 临床表现与膀胱肿瘤相似，需经膀胱镜检查及活组织检查鉴别。
5.尿路结石 主要症状为疼痛性血尿，一般血尿较经，多数无膀胱刺激症状。
6.放射性膀胱炎 盆腔脏器肿瘤经放射治疗后可能出现放射性膀胱炎。患者均有放疗病史。膀胱炎多在放疗后两年出现，但也有少部分在多年后出现。应用膀胱镜等检查可以鉴别。
7.前列腺增生 由于前列腺增生后造成排尿不畅或继发感染，可出现与膀胱癌相似的症状，同时尿潴留可以成为膀胱癌的诱因。
经过细胞学检查或膀胱镜检查可以确诊。
8.前列腺癌 前列腺癌侵入膀胱可出现尿血、排尿困难等症状，经B超、CT扫描、MRI扫描以及直肠指诊可以明确诊断。
9.子宫颈癌 肿瘤侵入膀胱也可出现血尿，经妇科检查即可鉴别。
10.其他 肾炎、药物刺激、出血性疾病等等均可出现血尿，可根据病史进行鉴别。