本病应注意与其他腹泻相鉴别。等孢子球虫病广泛分布于热带和亚热带，尤应与阿米巴痢疾、肠滴虫病、蓝氏贾第鞭毛虫病等区别，惟本病人体感染相当少见。

       阿米巴痢疾，有腹部不适，大便稀薄，腹泻时大便略有脓血痢疾样。痢疾样大便可增至每日10～15次或以上，伴有里急后重，腹痛加剧和腹胀。实验室检查疾病早期白细胞总数有显著增加，中性粒细胞可超出80%。粪便内如能找到滋养体或包囊，对诊断有助。通过诊断性穿刺，如能抽出典型巧克力样脓液并在其中找到夏一雷结晶及组织残余，诊断即可确立。

       肠毛滴虫病以腹泻为主要症状，稀糊便，可有黏液但脓血便少见。每天数次至十余次。伴恶心呕吐、腹痛腹胀、食欲减退、恶心呕吐、发热及白细胞计数增高等。粪便和胆汁中查找虫体是确诊的依据。

       蓝氏贾第鞭毛虫病，潜伏期平均为1～2周，其临床表现以腹痛、腹泻、厌食多见，典型患者表现为以腹泻为主的吸收不良综合征，可有爆发性水泻，恶臭、无脓血，含大量脂肪颗粒。小肠液检查，查到滋养体，即可确诊。