应与其他细菌性脑膜炎如链球菌性、脑膜炎、金黄色葡萄球菌脑膜炎、肠道革兰阴性杆菌脑膜炎相鉴别。

       主要是病毒性脑炎，病毒性脑膜脑炎及病毒性脊髓炎均可与结脑混淆，其中散发的病毒脑炎比流行性者更需加以鉴别。各种病毒性脑膜炎之诊断要点为：
(1)常有特定之流行季节。
(2)各有其特殊的全身表现，如肠道病毒可伴腹泻、皮疹或心肌炎。
(3)脑脊液改变除细胞数及分类与结脑不易鉴别外，生化改变则不相同，病毒性脑膜脑炎脑脊液糖及氯化物正常或稍高，蛋白增高不明显，多低于1g/L(100mg/dl)。
(4)各种病毒性脑炎或脑膜炎有其特异的实验室诊断方法，如血清学检查及病毒分离等。轻型病毒脑炎和早期结脑鉴别比较困难，处理原则是①先用抗结核药物治疗，同时进行各项检查，如结素试验、肺X线片等以协助诊断。②不用激素治疗，如短期内脑脊液恢复正常则多为病毒脑炎而非结脑。③鞘内不注射任何药物，以免引起脑脊液成分改变增加鉴别诊断之困难。