可并发上额窦炎、心内膜炎、心肌炎、脑膜炎等。引起支气管炎、支气管哮喘，原有支气管哮喘的患者感染肺炎衣原体后，可加重病情。还可引起咽炎、鼻窦炎及中耳炎，此多与肺炎及支气管炎同时存在病变一般均较轻，但即使应用抗生素治疗病情恢复较慢，咳嗽及全身不适等症状可持续数星期至数月。病情严重者可因原基础疾病加重或因发生并发症如细菌感染而死亡。
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