主要是区分病毒感染性巩膜炎，以及其他类型的细菌感染或非感染性巩膜炎。
1.细菌学检查
在使用抗生素之前必须进行分泌物或组织刮片进行革兰染色(Gram)姬姆萨染色(Giemsa)和细菌学培养及药物敏感试验根据染色和分离培养结果可及早确定病原体做出正确诊断。
2.病理学检查
如果临床首先考虑细菌感染但染色和培养(48h)阴性病人对最初的广谱抗生素治疗无效需作巩膜或角巩膜缘组织活检活检组织用甲醛溶液浸泡后采用特殊的染色方法如过碘酸-雪夫染色(periodic acid-schiffPAS)抗酸染色(acid fast)戈莫里六胺银染色(Gomori methenamine silverGMS)二苯乙烯类荧光增白剂染色(calcofluor whiteCFW)等行组织病理学检查也可以确定感染病原体。