本病应与棕色肠道综合征相鉴别。此病主要见于脂肪泻的患者，本质是脂褐素沉积于肠道平滑肌细胞核周围，使结肠壁呈棕褐色，而结肠黏膜无色素沉着。结肠黑变病患者还应与出血性结肠炎及肠黏膜下片状出血鉴别，后两种病变多较局限，且病变黏膜呈紫红色或黏膜表面有血迹，而MC则是肠黏膜的褐色或黑色色素沉着。个别结肠癌患者同时有结肠黏膜色素沉着，如果患者无便秘和长期El服泻药的病史，而结肠黏膜有色素沉着时.应高度警惕结肠癌。