葡萄球菌性周边性角膜炎出现溃疡时，容易与感染性角膜炎或溃疡混淆。然而，前者的角膜基质浸润与角膜缘之间有一透明间隔区，前房安静。后者通常有中度到重度的前房炎症反应，角膜基质的浸润可以扩展到角膜缘。单纯疱疹病毒性角膜炎也可类似于金黄色葡萄球菌性周边性角膜炎。然而，前者的特点为树枝状或地图状角膜上皮损害，角膜感觉减退，基质浸润可扩展到角膜缘。后者没有这些临床特点。金黄色葡萄球菌性角膜炎出现角膜溃疡时与蚕食性角膜溃疡以及胶原血管性疾病引起的周边性角膜溃疡相似。但是前者的预后良好，后者的病变严重且为进行性。此外，前者对皮质类固醇眼药水治疗的反应好，后者通常需要全身应用免疫抑制药来控制角膜炎症和溃疡。