1、膈肌麻痹需与先天性膈肌膨出进行鉴别：膈肌麻痹常有膈神经受损病史、膈肌升高、膈矛盾运动以及纵隔移位均不如膈肌膨出明显。
2、膈肌麻痹需与肺底积液进行鉴别：应与成人肺底积液相鉴别。
3、膈肌麻痹需与运动神经元损伤导致的膈肌运动障碍相鉴别。同时有机磷农药中毒也可以导致膈肌麻痹。但是本病通常有明确的服药史。
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