如果急性肾盂肾炎诊断、治疗及时，则很少出现并发症。并发于有潜在肾脏病或尿路畸形的急性肾盂肾炎的预后相对较差，而且致病菌常有耐药性，如不去除肾结石，尤其是合并感染的结石，否则肾盂肾炎难以控制。并发于尿路梗阻的感染也很难治愈，常演变为慢性过程，并可导致菌血症。

急性肾盂肾炎最严重的并发症是中毒性休克。产气型肾盂肾炎是一种很少见但可致命的肾盂肾炎，通常见于糖尿病患者，由致病菌(常是大肠杆菌的某一菌株)释放气体进入感染组织所致。

在得到充分治疗后，又无其他肾脏疾病或尿路畸形，急性肾盂肾炎通常可痊愈，并不引起肾脏瘢痕或持续性肾脏损害，相反在肾脏未完全发育成熟的婴幼儿，尤其是并发于肾脏疾病或尿路畸形的急性肾盂肾炎，常引起持续肾脏损害和瘢痕。