克雷白杆菌肺炎并发症有脓胸、气胸、脑膜炎及多发性关节炎。
脓胸是指胸膜腔被致病菌侵入，发生感染积脓。从新生儿到老年人，任何年龄均可发生。脓胸多由化脓性细菌所引起。多数脓胸继发于肺部感染。在小儿，金黄色葡萄球菌肺炎更是常见原因。
气胸是指气体进入胸膜腔，造成积气状态，称为气胸。通常分为三大类：自发性气胸、创伤性气胸和人工气胸。自发性气胸是由于肺部疾病使肺组织和脏层胸膜破裂，或由于靠近肺表面的微小泡和肺大疱破裂，肺和支气管内空气进入胸膜腔所致。
脑膜炎是一种娇嫩的脑膜或脑脊膜(头骨与大脑之间的一层膜)被感染的疾病。此病通常伴有细菌或病毒感染身体任何一部分的并发症，比如耳部、窦或上呼吸道感染。细菌型脑膜炎是一种特别严重的疾病需及时治疗。如果治疗不及时，可能会在数小时内死亡或造成永久性的脑损伤。病毒型脑膜炎则比较严重但大多数人能完全恢复，少数遗留后遗症。