本病须与病毒性肺炎、衣原体肺炎、肺结核、ARDS及淋巴细胞性间质性肺炎(LIP)相鉴别。其中尤以LIP与本病均易发生于AIDS患儿更难鉴别，但LIP多呈慢性，以咳及干罗音为主，有全身淋巴结增大及唾腺增大，可在肺活检标本中查出EBV-DNA1，而PCP不能查出。

其次，本病胸部X线显示弥漫性阴影，因此需与粟粒性肺结核、弥漫性肺泡细胞癌、真菌病和巨细胞病毒感染和左心功能不全相鉴别。