本症可发生于任何年龄，但2/3病例发生在30～50岁，男性多于女性。起病缓慢或亚急性，如新型隐球菌与曲霉菌脑内感染都原发于上呼吸道(鼻腔)黏膜和肺，经血行播散。大多数原发病变症状尚不明显时，即出现神经系统症状。病人一般有低热，偶有高热，首发症状多为头痛，伴恶心、呕吐，有颈项强直等脑膜刺激症。病程数周至半年，偶有超过1年者，少数病例可有缓解和复发。

根据临床表现，起病缓慢，病程较长伴有脑膜刺激症、颅内压增高症等改变，结合其他辅助检查，可做出诊断，若脑脊液涂片找到真菌即可确诊。