真菌检查有助于皮肤癣菌的鉴定，菌落形态、镜下特征尤其是大分生孢子的大小、形状、分隔、胞壁的特点及着生方式，是本病必做的检查。

组织病理检查：皮肤癣菌病的多种临床表现是真菌对角化组织直接损伤(主要是毛发和甲)和宿主炎症反应的结果，后者变化多样。对红色毛癣菌的干燥型感染可见单纯的角化过度，而亲动物性皮肤癣菌所致的炎症明显的脓癣则表现为脓疱。以红色毛癣菌为例，可引起表皮改变包括伴角化过度的慢性皮炎，角化不全，颗粒形成增多或减少，棘细胞层水肿，单核细胞侵入和中、重度棘皮症。其他改变包括多环红斑样损害时呈表皮下水疱，变应性血管炎致血管改变，伴有淋巴细胞、组织细胞、中性粒细胞和嗜酸性粒细胞。进一步可出现肉芽肿样反应，表皮与真皮上层基本正常，而真菌中层在扩张的血管附近可见中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、淋巴细胞、组织细胞和浆细胞。

脓疱可出现在角层下和毛囊。毛囊炎和毛周炎一般与毛囊存在真菌成分相关。炎症改变从外层毛根鞘的棘细胞层水肿到深部毛周肉芽肿性反应伴坏死和异物性巨细胞，可能由断裂毛囊排出的毛发诱导。对于脓癣组织学表现为亚急性皮炎和明显的毛囊炎，伴异物性巨细胞的弥散的肉芽肿样炎症反应、血管改变和纤维化。典型的环癣，在损害边缘有显著的炎症改变，包括血管周围淋巴细胞浸润。