隔膜孔较大，足以通过食物，可无症状。隔膜孔较小或继发炎症引起黏膜水肿使孔狭窄时，则可引起梗阻症状。最常见的症状为呕吐，生后不久即出现，多在食后即吐，喷射性内容含乳汁和乳凝块，无胆汁和血液。可有腹部饱满感或腹痛，特点为进奶后疼痛，呕吐后即缓解。呕吐常呈间歇性，可缓解较长时期。也可伴有食欲减退、体重减轻等症状。体检上腹部膨隆，有胃蠕动波，中下腹平坦。隔膜无孔时则较早的出现高位梗阻症状，无胎粪排出如为两个隔膜，被隔离的胃下部和十二指肠上部膨胀，充满蓄积分泌物，形成一个囊性肿物，在上腹部可触及。

X线检查可见胃泡影，中下腹无气影。胃大小正常，在幽门前1～2cm处可见狭窄缺陷，钡剂可通过隔膜孔，出现正常括约肌和十二指肠壶腹部影。胃内隔膜完全闭锁可通过上消化道钡剂造影或胃镜确诊，但常由于顽固性呕吐和上腹部膨胀进行手术，开腹后才确诊。