应与鼻腔结核、梅毒、麻风及乾酪鼻炎相鉴别。  鼻部气流减少合并解剖学结构异常，且黏膜纤毛功能的改变与纤毛的丢失成正比，与粘液的过度蒸发有关。通过组织病理学研究发现萎缩性鼻炎黏膜萎缩，鳞状化生，并有大量中性粒细胞和少许淋巴细胞浸润。还有研究发现鼻粘膜上分布着大量雌激素受体，与鼻黏膜增生或萎缩有关。表面活性物质减少学者发现黏膜表面总磷类脂和磷脂酸基胆碱明显下降，磷脂酸基氨乙醇和鞘髓磷脂显著增加，而晚期患者各指标均较早期有所下降，认为鼻通过自主神经失衡、自身免疫破坏、感染、分泌性lgA缺乏等机制使表面活性物质减少，从而引起原发性萎缩性鼻炎。