主要是原发病的治疗。如对于感染性疾病，应给予抗菌抗炎药品，但需注意新生儿慎用或禁用多种抗生素。再譬如新生儿肺炎，由新生儿咳嗽反射尚未发育成熟，呼吸道分泌物不能咳出，易引起窒息，故必须经常吸痰、雾化以保持患儿气道通畅。这类疾病需以预防为主，先治疗孕妇的感染性疾病；临产时严密消毒避免接生时污染；尽可能新生儿第一次呼吸前吸净口鼻腔分泌物。加强护理、防止并发症，并加强支持治疗。