洋葱假单胞菌肺炎有3类临床表现：①长期无症状带菌。②数月内进行性恶化，反复高热，体重进行性减轻，反复住院。③急剧致命的病情恶化，短期内死亡。女性病人临床症状常较男性严重且预后更差。典型的临床过程为严重细菌感染，表现为反复或持续的高热，进行性消瘦，肺功能急剧下降，常合并其他严重疾病(如恶性肿瘤、囊性纤维化)。少数病人可能有菌血症。洋葱假单胞菌性肺炎患者肺功能下降比铜绿假单胞菌性肺炎严重。

在免疫功能严重受损和(或)囊性纤维化病人，反复或持续高热，进行性体重减轻，肺功能急剧下降，胸部X线表现为肺实质浸润，痰培养连续2次以上阳性(培养基上仅有或主要为洋葱假单胞菌)，即可诊断为洋葱假单胞菌肺炎。支气管肺泡灌洗液培养阳性亦有助于诊断。