致病原因很多，多为中枢脑干病变所致，如脑干血管栓塞、肿瘤、脑桥小脑疾病、延髓空洞症、弥漫性大脑动脉硬化等。亦有人认为癔病可为其病因，促使腭肌阵挛的发作。肌阵挛的发生机理尚未明确，病变部位多在脑干部，特别是下橄榄区域，脑干下网状结构对肌阵挛的发生也有一定作用。
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