新形隐球菌较其他病原微生物容易被发现，脑脊液的墨汁涂片及真菌培养极为重要，鉴于结核性脑膜炎，脑脓肿，部分治疗的化脓性脑膜炎，颅内肿瘤，其他真菌体脑膜炎的脑脊液改变均与隐球菌脑膜炎相似，故是鉴别诊断的重点，隐球菌脑膜炎和结核性脑膜炎及脑肿瘤的鉴别见表1。

表1隐球菌脑膜炎与结核性脑膜炎及脑肿瘤的鉴别

病 名 隐球菌脑膜炎 结核性脑膜炎 脑肿瘤 起病 多缓慢，可呈亚急性 多呈亚急性 慢性 发热 早期不明显，以后多不规则 病程中较早出现发热 多无发热 颅神经受累 视神经病变及乳头水肿多见 视神经乳头水肿少见外展神经受累多见，脉络膜上可见结核结节 以外展神经为多 脑脊液细胞数 轻，中度增多，200／mm3以下多见 中度增多，200～500／mm3 正常或轻度增多 糖 明显减低 多数在20～40mg/dl 正常 蛋白质 轻，中度增加 明显增加 稍有增高，有蛋白细胞分离现象 氯化物 减低 减低 正常 涂片查菌 新形隐球菌 结核杆菌 无 隐球菌抗原检测 阳性 阴性 阴性 脑电图 弥漫性异常 弥漫性异常 多有定位性改变 头颅CT及脑血管造影 无特殊改变 无特殊改变 可有特殊改变

皮肤隐球菌病借损害特征，病理及真菌培养而与粉刺，传染性软疣，皮肤结核，孢子丝菌病或恶性肿瘤相鉴别。

2.肺部隐球菌病 应与肺炎双球菌引起的大叶性肺炎，肺结核及肺念珠菌病，肺曲霉病等肺部感染疾病相鉴别。

3.其他隐球菌病 皮肤隐球菌病应与孢子丝菌病，着色芽生菌病及各种慢性溃疡相鉴别，骨隐球菌病应与骨肿瘤相鉴别，隐球菌性败血症应与细菌性败血症相鉴别。