肺部厌氧菌感染，尤其吸入性肺炎，大多由误吸所致。因此要尽量减少误吸的危险性。当喂食虚弱、意识障碍和吞咽困难的患者时应特别小心，床头适当抬高些。发现肉眼可见的误吸时，应立即迅速体位引流或吸引清除气道内的内容物，必要时用纤维支气管镜，去除大气道的食物残渣，以免阻塞支气管。此外，保持口腔卫生和积极治疗腹腔、盆腔内化脓性感染亦可减少肺部厌氧菌感染的发生。

肺部厌氧菌感染的预后取决于患者的全身状况、感染类型和治疗是否及时。老年、全身衰竭、坏死性肺炎和支气管阻塞均为预后不良的决定因素。

在吸入性肺炎阶段即开始治疗的患者，3～4天即可显示效果，7～10天退热。治疗7～10天后仍持续高热，应行纤维支气管镜检查明确原因和施行引流，如仍无效，则要考虑其他诊断和采用其他抗生素。如发生空洞性损害，常需数月才能吸收闭合。若空洞直径大于6cm，空洞难以闭合，症状亦常在治疗8周后才能消失。如发生脓胸，即使在有效的引流下，亦需平均29天才能退热。

社会获得吸入性肺炎，预后良好。一组报道因厌氧菌肺炎为死亡主因者占4%，为诱因者占7%;而相反，医院获得吸入性肺炎，病死率高达20%。可能与严重的基础疾病以及革兰阴性厌氧杆菌的致病性有关。

肺脓肿的病死率在抗生素应用之前高达34%，仅50%患者存活，目前已降至5%～12%。