本病主要应与淋菌性尿道炎相鉴别，后者潜伏期较短，平均3天～5天，尿痛比较严重，分泌物多为脓性，量多，淋球菌检查阳性，而NGU的分泌物多为浆液性或粘液脓性，较稀薄，量少。查不出淋球菌。非淋菌性尿道炎的病原体是沙眼衣原体和支原体、白色念珠菌、阴道毛滴虫等，而淋病的病原体是淋病双球菌。
       非淋菌性尿道炎的临床症状是分泌物呈乳白色，以慢性尿道炎的形式表现出来;而淋病的开始症状是自尿道口流出大量黄色脓性分泌物，以急性尿道炎的形式表现出来。