本病各期均应注意与结核相鉴别，主要依靠培养及相应的血清学检查。原发性组织胞浆菌病的急性期应与病毒、细菌性及其他真菌性肺部炎症以及弥漫性肺部纤维化、类脂质性肺部病变等相鉴别。急性播散性组织胞浆菌病有脾肿大、淋巴结病变、贫血及白细胞减少时，应与内脏利什曼病、淋巴瘤、传染性单核细胞增多症、马内菲青霉病、痢疾、布鲁菌病等鉴别。皮肤及黏膜损害，应与肿瘤、孢子丝菌病、梅毒、细菌性蜂窝织炎、皮肤结核、弓形虫病或其他系统性真菌感染等相鉴别。