数以百计的非产芽胞的正常厌氧菌群存在于皮肤、口腔、肠道和阴道，若这种共生关系遭到破坏(例如外科手术或其他创伤、血液供应差或组织坏死)，其中的某些菌种可引起伴有高发病率和高死亡率的感染，经这些途径进入人体后可随血流扩散至远处。因为需氧和厌氧菌常可发现于同一感染部位，因此感染可能是混合性的，除非用适当的办法进行分离和培养，厌氧菌可能被忽视。然而厌氧菌可能是胸膜腔和肺、腹腔内、妇科、中枢神经系统、上呼吸道感染和皮肤疾病及菌血症的主要病原菌。