多于急性感染疾病的头三天内发生，有的患儿在急性感染起病后数小时发生。患儿高热、严重头痛、呕吐、烦躁不安和谵妄乃至昏迷，常有惊厥发作，持续时间可长可短，多为全身性强直样发作或全身性强直一阵挛样发作。此外，常有阳性锥体束征、肢体瘫痪、失语、瞳孔异常等。有明显脑膜刺激征。醒转的患儿依病情轻重而有不同折转归。重症患者可有不同程度的视力障碍、听力减退、颅神经麻痹、单瘫或多肢瘫、智能减退及其它精神障碍，另一些患儿则从昏迷转为去质状态或去大脑强直状态，轻症者多可恢复，但有的仍可留有注意力不集中、学习能力降低、行为异常和性格改变等。