应用一般治疗剂量的副作用：可有恶心、呕吐、口腔及上腹部烧灼感、头痛、头晕、耳鸣、视力障碍、皮肤瘙痒、紫癜、皮疹等，偶有不自主运动、心室颤动。误用大量发生中毒时，尚可有呼吸和脉搏加快，血压下降、嗜睡、昏迷、惊厥、心律失常，甚至发生阿-斯综合症（此种情况偶亦见于应用一般治疗剂量时），导致心脏骤停，或因呼吸衰竭致死。此外，葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏病儿应用氯喹后可发生溶血而致急性肾功能衰竭。