颅骨结核主要需与化脓性颅骨骨髓炎鉴别。后者起病较急，病程较短，先有头部伤口感染或头面部疖肿、鼻旁窦炎等其他部位的化脓性感染。病初为突然高热伴较严重的全身中毒症状，如乏力、全身酸痛、精神不振、嗜睡等。局部表现为头皮有红肿热痛的炎症反应，进而形成头皮下脓肿，穿刺可抽出黄色黏稠脓液而无干酪样物，涂片染色镜检及细菌培养可发现葡萄球菌等化脓性细菌而无结核杆菌。慢性窦道中均可经常排出脓液及死骨，但结核性者为灰白色干酪样物，化脓性者为黄色黏稠脓液。颅骨X线平片上均可有骨缺损，其中可有游离死骨。但化脓性者骨缺损的边缘模糊不清，慢性者在骨缺损缘处还可有高密度骨质增生带，或病灶区呈虫蚀状，或地图状低密度，而结核性者骨缺损缘则呈穿凿样，边缘较整齐，有时在骨边缘处也可有高密度骨增生带。