病原菌多为溶血性链球菌及其他化脓性链球菌。与溶血性链球菌带菌者接触是发病的主要原因，慢性扁桃体炎患者的带菌率很高，约40%为乙型溶血型链球菌。全身及环境因素可为其诱因，如营养不良、过度疲劳、体质衰弱等身体抵抗力或免疫低下者易患此病。通过咳嗽、打喷嚏时飞沫传播或进污染食品后发病。链球菌主要以其毒素及代谢产物危害机体，如链球菌溶血素O及S、红斑毒素、链激酶、透明质酸酶及若干蛋白酶等，有的能直接破坏扁桃体组织的防御力，使病变容易扩散，或通过变态反应而引起并发症。