肠侵袭性大肠埃希杆菌感染在多数情况下属于自限性疾病，多于1～2周内痊愈。预后和下列因素有关：①年老体弱、婴幼儿及免疫功能低下患者，并发症多，预后严重;②中毒性菌痢病死率较高，尤其是呼吸衰竭型;③痢疾志贺菌Ⅰ型引起症状较为严重，而福氏菌易致慢性，耐药性菌株则影响疗效;④采用适当抗菌药物对清除感染有重要作用。用药不当、疗程不足、治疗不及时均影响疗效。