过硼酸钠较具硷性，在肠道中与酸作用，可分解为硼酸盐(如 NaBO2)、硼酸与过氧化物(如过氧化氢)。 至于硼酸盐对人体的毒性并不高，但在大量暴露时，可对人体延髓 area postrema 造成刺激，而引起自发性呕吐。另外，硼酸盐在单次大量或重覆暴露时，可对中枢神经系统与肾潘产生毒性，并可能引起维他命 B2 (riboflavin)缺乏。