常见的并发症有高血压、出血、血栓形成(脑血管、上下肢血管、冠状动脉、肠系膜动脉、肝静脉、脾的血管等)、胃十二指肠溃疡、肾结石、胆结石、痛风性关节炎、骨髓纤维化、白血病等。单纯静脉放血者并发栓塞及骨髓纤维化者多，用32P或化学治疗者并发急性白血病者多，其中以急性粒细胞及急性粒-单核细胞白血病最多，也有少数淋巴细胞白血病。死亡原因国外以血栓为最多，其次为白血病、肿瘤、出血与骨髓纤维化等。白血病常在治疗后5～12年发生，也有的病例先转变为骨髓增生异常综合征，再转变为急性白血病，对治疗反应差。有的病例经若干年后血细胞比容正常，而脾脏逐渐增大，称之为耗竭期(spent phase);有的病例发展为骨髓纤维化。