食管囊肿病人可以合并有颈椎或胸椎的先天性畸形，其中以半椎体畸形最为多见。根据Pokorny和Goldstein(1984)报道，有的食管重复畸形可以通过膈肌与空肠重复畸形沟通或连接。偶尔，食管囊肿或重复畸形可以附着于毗邻的椎管或与椎管沟通，称之为神经管原肠囊肿(neuronteiic entero cysts)。