肾皮质脓肿主要（90%）是由金黄色葡萄球菌从远处感染灶（常为皮肤感染）经血行播散引起。常见诱因有静脉注射、糖尿病和血液透析。上行感染很少引起肾皮质脓肿。开始形成小脓肿随后逐渐扩大并融合成充满脓液的厚壁炎性肿块。最后可穿破肾被膜形成肾周脓肿。大多数肾皮质脓肿累及单侧（97%），并好发于右侧（63%）。