闭锁综合征主要见于脑干的血管病变，其病因为基底动脉桥脑穿支血管病变（血栓形成、破裂出血）导致桥脑基底部局限性缺血缺氧功能受损，患者大脑半球和脑干被盖部网状激活系统无损害，因此意识保持清醒，对语言的理解无障碍，由于现在其动眼神经与滑车神经的功能保留，故能自主睁眼或眼球垂直活动（眼球上下）示意与周围的环境建立解释联系。但因脑桥基底部损害导致双侧皮质脑束与皮质脊髓束均被阻断，外展神经核以下运动性传出功能丧失，患者表现为不能言语，有眼球水平运动障碍，双侧面瘫、舌咽及构音吞咽功能均有障碍，不能转颈耸肩，四肢全瘫，可有双侧病理反射，因此虽然意识清楚，但因身体不能移动，不能言语，常被误认为昏迷。