由于感染、持续炎症状态、供氧和组织灌注不足是发生MSOF的最常见和最重要的危机因素，应先予以控制和针对处理，如纠正休克、及时处理原发病和外伤、清除坏死组织、引流脓肿、控制腹腔污染等等，都是很重要的措施。妥善处理大伤口的临界生机组织以及隐藏的肠道伤口(包括屏障破坏)，以阻断持续的炎症反应，从而减少白细胞系统的激活。不要滥用广谱抗生素，要注意保持肠腔内正常的细菌菌丛生态学。加强胃的正常杀菌作用，减少细菌及其毒素进入全身，提供充分的能量和合成底物，支持共生的厌氧菌。保持排便通畅，以减少结肠内细菌及其毒素。