纤维结肠镜检查是诊断本病的主要方法，内镜下阳性率高达到50%～80%，值得注意的是尽管有时在内镜下高度怀疑为恶性病变，但活检病理始终只能发现炎性细胞浸润，未见癌。这是因为肠型恶性淋巴瘤虽然在组织学上有一定的特征如组织细胞和淋巴细胞的异型、病理核分裂像、组织结构破坏等，但常因取材过浅、组织块太小，组织钳夹时的挤压等而不能确诊。因此本病取材活检有别于结肠癌，除了粘膜取材外，夹取粘膜下组织很有必要。而一旦内镜结果与病理结果数次不符时应警惕本病的可能。