新形隐球菌较其他病原微生物容易被发现，脑脊液的墨汁涂片及真菌培养极为重要。鉴于结核性脑膜炎、脑脓肿、部分治疗的化脓性脑膜炎、颅内肿瘤、其他真菌体脑膜炎的脑脊液改变均与隐球菌脑膜炎相似，故是鉴别诊断的重点。隐球菌脑膜炎和结核性脑膜炎及脑肿瘤的鉴别见表1。

　　表1　隐球菌脑膜炎与结核性脑膜炎及脑肿瘤的鉴别

                        病 名            隐球菌脑膜炎            结核性脑膜炎            脑肿瘤                            起病            多缓慢，可呈亚急性            多呈亚急性            慢性                            发热            早期不明显，以后多不规则            病程中较早出现发热            多无发热                            颅神经受累            视神经病变及乳头水肿多见            视神经乳头水肿少见外展神经受累多见，脉络膜上可见结核结节            以外展神经为多                            脑脊液细胞数            轻、中度增多，200／mm3以下多见            中度增多，200～500／mm3            正常或轻度增多                            糖            明显减低            多数在20～40mg/dl            正常                            蛋白质            轻、中度增加            明显增加            稍有增高，有蛋白细胞分离现象                            氯化物            减低            减低            正常                            涂片查菌            新形隐球菌            结核杆菌            无                            隐球菌抗原检测            阳性            阴性            阴性                            脑电图            弥漫性异常            弥漫性异常            多有定位性改变                            头颅CT及脑血管造影            无特殊改变            无特殊改变            可有特殊改变            

　　皮肤隐球菌病借损害特征、病理及真菌培养而与粉刺、传染性软疣、皮肤结核、孢子丝菌病或恶性肿瘤相鉴别。

　　2.肺部隐球菌病 应与肺炎双球菌引起的大叶性肺炎、肺结核及肺念珠菌病、肺曲霉病等肺部感染疾病相鉴别。

　　3.其他隐球菌病 皮肤隐球菌病应与孢子丝菌病、着色芽生菌病及各种慢性溃疡相鉴别，骨隐球菌病应与骨肿瘤相鉴别。隐球菌性败血症应与细菌性败血症相鉴别。