重症的FK，特别是镰刀菌性角膜炎，由于发病急骤，常合并有前房积脓及角膜穿孔，经常被误诊为铜绿假单胞菌性角膜溃疡，主要鉴别是前者具有典型的菌丝苔被病灶，后者溃疡呈淡绿色，表面湿润而有光泽(由黏性坏死组织及分泌物构成)，边缘光滑，与正常角膜之间有浸润水肿区。此外，本病与单纯疱疹病毒引起的坏死性角膜炎(necrotic keratitis)和棘阿米巴性角膜炎晚期盘状基质脓肿的临床表现非常酷似，可以通过病史及实验室诊断加以鉴别。

　　通常还需要和细菌性角膜炎、病毒性角膜炎鉴别。