需与肺栓塞和肺梗死鉴别的疾病很多，主要有急性心肌梗死、冠状动脉供血不足、肺炎、胸膜炎、肺不张、哮喘、夹层动脉瘤、原发性肺动脉高压和癔症等。

　　鉴别诊断的思维如下：

　　①症状和体征的特点;

　　②伴随的症状和体征;

　　③相关病史的提示;

　　④有关实验室检查的结果。

　　以呼吸困难为例，肺栓塞的呼吸困难是突然发生的，往往伴有胸痛、咯血、休克或晕厥。如果病史中提示一些危险因素如骨折或长期制动，实验室检查发现下肢静脉血栓，影像学显示肺动脉高压征或右室扩大甚至发现肺动脉阻塞征，即不难与其它疾病鉴别。