通常情况下微生物、宿主和外界环境三者保持着一种生态平衡关系。如三者出现生态失调，称为菌群失调。
正常人肠道中的菌群，主要为厌氧菌，少数为需氧菌，前者约为后者的 100倍。存在于肠道的正常菌群为类杆菌、乳杆菌、大肠杆菌和肠球菌等，尚有少数过路菌，如金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、副大肠杆菌、产气杆菌、变形杆菌、产气荚膜杆菌、白色念珠菌等。在正常情况下，这些微生物互相依存，互相制约，维持平衡，保持一定的数量和比例。在人体抵抗力降低的情况下，如瘦弱婴幼儿，年老体弱和患急、慢性疾病者，以及长期、大量使用广谱抗生素、免疫抑制剂、肾上腺皮质激素、抗肿瘤药物和放射治疗者，尤其是应用广谱抗生素者。
检查时要求：
1.新配制的染液应先用已知的革兰氏阳性菌和阴性菌进行对照试验，以检查染色液的质量是否适用。
2.采集时请避免挖取沾到马桶內尿液及自来水的部分;同时也请勿将粪便直接置于卫生纸或擦手纸上。
3.为避免干扰检验结果，请勿使用棉花棒挖取。
4.粪便采集量请勿过少，以避免无足够的检体以供检验。
5.结晶紫与草酸铵溶液混合后不能保存太久，如有沉淀出现应重新配制使用。
6、粪便检验后应将纸类或塑料标本盒投程度焚化炉中烧毁。搪瓷容器应泡于消毒液中(如过氧乙酸、煤酚皂液或新洁尔灭等)24小时，弃消毒液后，流水冲洗干净备用。所用载上玻片需用5%煤酚皂液浸泡消毒。
检查前准备：
1、因为婴幼儿不容易一次取到足量的检体，若需要分次收集时，请将检体暂时置于冰箱冷藏保存，以避免细菌滋生。
2、蛔虫、蛲虫及绦虫等较大虫体或其片段肉眼即可分辨，钩虫虫体须将粪便冲洗过滤后方可见到，服驱虫剂后应检查粪便中有无虫体，驱绦虫后应仔细寻找虫头。
不适宜人群：
本检查为常规检查，没有不适宜人群。
正常：
粪便中细菌极多，占干重的1/3，多属正常菌群。
健康婴幼儿粪便中主要有双歧杆菌、拟杆菌、肠杆菌、肠球菌、葡萄球菌等。
成人粪便中以大肠埃希菌、厌氧菌和肠球菌为主要菌群，约占80%;产气杆菌、变形杆菌、铜绿假单胞菌等多为过路菌，不超过10%。
芽胞菌(如梭状菌属)和酵母菌，总量不超过10%。
粪便中菌量和菌谱平时处于相对稳定状态，并与宿主间保持着生态平衡。
粪便中球菌(革兰阳性菌)和杆菌(革兰阴性菌)的比例大致为1∶10。
异常：
异常结果：
(1)长期使用广谱抗生素，免疫抑制剂及慢性消耗性疾病的患者，粪便中球/杆菌比值变大。
(2)在一定条件下，有些正常菌群的细菌也能致病，称为条件致病菌，如受凉或过度疲劳，抵抗力低下等。
(3)革兰阴性杆菌严重减少，甚至消失，而葡萄球菌或真菌等明显增多，常提示有肠道菌群紊乱或二重感染。此种菌群失调症称伪膜性肠炎，涂片常为革兰阳性葡萄球菌梭状芽胞杆菌(培养为金黄色葡萄球菌难辨芽胞梭菌等)，次为假丝酵母菌。
导致该异常结果可能疾病为： 嵌杯样病毒胃肠炎
