甲状腺过氧化物酶是甲状腺微粒体的主要抗原成分，其功能与甲状腺素的合成有关。抗甲状腺过氧化物酶抗体或抗甲状腺微粒体抗体可能使甲状腺细胞损伤。检测抗甲状腺过氧化物酶抗体的方法与抗甲状腺球蛋白抗体类似。测定抗甲状腺过氧化物酶抗体的临床意义与抗甲状腺球蛋白抗体也大致相同，主要对于慢性淋巴细胞性甲状腺炎、甲状腺功能亢进症、原发性甲状腺功能减退症，有辅助诊断、疗效考核价值。某些病人抗甲状腺球蛋白抗体阴性，但抗甲状腺过氧化物酶抗体阳性，因而两种抗体同时检测可提高抗甲状腺自身抗体的阳性检出率，并可作为临床诊断和鉴别诊断自身免疫性甲状腺炎的重要依据。