脑脊液蛋白电泳主要用于多发性硬化症，神经梅毒及亚急性硬化性全脑炎等的诊断。
由于脑脊液蛋白质含量较少，在电泳前必须进行浓缩，一般用透析法，透析液可用高分子质量聚乙二醇、右旋糖酐等。
近年，已采用高效毛细管电泳法其分辨率更高，而且脑脊液不需要经过浓缩。
- 正常值:
-
前清蛋白 0.02～0.06；
清蛋白 0.55～0.66；
球蛋白α1 0.03～0.08；
α2 0.06～0.09；
β 0.10～0.18；
γ 0.04～0.13。
高于正常值：
1、前清蛋白升高，见于先天性或梗阻性脑积水，脑萎缩等；
2、清蛋白升高，见于椎管内阻塞、脑肿瘤等；
3、α球蛋白升高，见于脑部急性炎症（如细菌性脑膜炎、脊髓灰质炎等）；
4、β球蛋白升高，见于小脑萎缩、脊髓小脑变性、肌萎缩侧索硬化症、动脉硬化和脑血栓等；
5、γ球蛋白升高，见于脑瘤、多发性脑膜炎、麻痹性痴性痴呆、结节病及慢性脑膜炎等。
导致该异常结果可能疾病为： 小儿发作性舞蹈手足徐动症 小儿球形细胞脑白质营养不良
低于正常值：
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