衣原体(chlamydia)包括沙眼衣原体(C.trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C.psittaci)和肺炎衣原体(C.pneumonia)3种。沙眼衣原体又分为沙眼、性病淋巴肉芽肿(lymphogranuloma venereum，LGV)和鼠生物变种3个生物变种。沙眼衣原体生物变种有A～K18个血清型，其中A、B、Ba、C引起沙眼，D～K型引起泌尿生殖道感染，如包涵体结膜炎、非淋菌性尿道炎、宫颈炎、输卵管炎、附睾炎、直肠炎、新生儿肺炎和中耳炎等。衣原体性泌尿生殖道炎是目前世界最多的性病之一。性病淋巴肉芽肿变种有L1、L2、L2a、L3 4个血清型，可引起性病淋巴肉芽肿。鼠生物变种不引起人的疾病。鹦鹉热衣原体和肺炎衣原体引起呼吸道感染，特别是肺炎。