1.由于咳痰标本常受到口咽部定居细菌的污染，分离得到的细菌往往不能真正代表下呼吸道感染的病原菌，应密切结合临床进行分析，必要时进行多次培养。

　　2.痰液的细胞学筛选：将痰液直接涂片后光学显微镜检查，每低倍视野鳞状上皮细胞小于10个，白细胞大于25个，或鳞状上皮细胞：白细胞< 1：2.5，可认为痰液来源于下呼吸道，即为合格痰标本。

　　3.由于痰的非均质性，定量培养之前需先将标本液化和匀化。

　　4.采样前使用过抗菌药物者，检测到的感染菌浓度降低，可导致假阴性结果。