在诊断中最为重要的是要与AIDS病本身所致的机会致病菌胃肠道感染相区别，如巨细胞病毒性结肠炎、急性盲肠炎等。
急性胃肠炎早期可有呕吐、腹泻、腹痛相腹部压痛等发现，与急性阑尾央相似，但急性胃肠炎多有饮食不洁或受凉史，呕吐及腹泻较突出，且发生于腹痛之肪;腹部压痛不固定，无腹肌紧张;大使化验可查到大量红、白细胞。
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