结外NK/T细胞淋巴瘤的发病机制尚不完全清楚。目前发现与EB病毒感染密切相关,尤其是鼻腔病例,80-100%都存在EB病毒感染,而其他部位的结外NK/T细胞淋巴瘤EB病毒的检出率则相对较低(15-50%)。细胞及分子遗传学方面，结外NK/T细胞淋巴瘤最常见的细胞遗传学异常是6q21q25缺失或6p10插入；p53的异常表达、SHP-1(蛋白酪氨酸蛋白磷酸酶)基因表达下调、Fas基因突变等分子生物学异常亦与结外NK/T细胞淋巴瘤的发生相关。