由感染刺激引起的囊肿(如发生于上颌骨的牙周囊肿)，是由牙根感染或损伤后，根尖肉芽组织发生囊肿样变所致;而发生于上颌窦的粘液囊肿如为非分泌型者，则是由于鼻窦慢性炎症使粘膜下毛细血管壁受损而渗出的浆液积聚于鼻窦粘膜内的疏松结缔组织中形成的假性囊肿，又称浆液囊肿。此外，鼻窦粘液囊肿也可因外伤、手术、肿瘤炎症等因素阻塞窦口，造成窦内分泌物潴留所致。