由于鼻窦与眼部等器官相邻，加上鼻窦本身的结构狭窄，无意中加大了鼻囊肿的治疗难度，所以鼻囊肿的治疗要循尊一定的治疗原则。
1、粘液囊肿：经鼻内或鼻外径路摘除囊肿，引流口要通畅。
2、粘膜囊肿一般不须手术，如症状明显、反复发作，可行上颌窦根治径路手术切除。
3、含牙囊肿采用上颌窦清理术，切除囊肿保留上颌窦粘膜。牙根囊肿则切除囊肿并处理病牙。
4、低温等离子消融术治疗法，它是将等离子低温热效应直接作用于病变组织，在小范围内实现高热，产生凝固，使病变组织坏死，进而脱落达到去除病变的目的。