易性癖病的手术象其他外科手术一样，也会出现一些并发症。总体上分为两大类:

⑴手术本身引起的并发症;

⑵与病例选择不当或手术效果不佳有关的并发症。

生育问题

变性手术的男女严格地说都未从生理上、解剖学上和功能上完全实现女性化或男性化。男变女或女变男都没有生殖能力，这是变性手术将来要解决的一个难题。要解决这个问题，就要做器官移植或像国外研究下世纪可以让男人生孩子。把受精卵和胚胎放入男人腹腔内，怀孕到一定时期，完全摹拟母体内环境，定量吃药形成雌激素环境。这样男人也可以怀孕，到孕期将满时对其施行剖腹产。