败血症应注意和胃肠道感染、中毒型菌痢、重症伤寒、粟粒性结核、脑炎和隐性局部感染灶等相鉴别。败血症肾损害应与其他感染性肾脏疾病相鉴别。
1.中毒性菌痢多见于2～7岁体质好的儿童。起病急骤，全身中毒症状明显，高热达40℃以上，而肠道炎症反应极轻。这是由于痢疾杆菌内毒素的作用，并且可能与某些儿童的特异性体质有关。中毒型菌痢又可分为休克型、脑型和混合型。临床上起病急骤，表现为高热、意识障碍、抽搐。若不及时治疗，病情继续发展，可出现休克、昏迷。也可由于弥漫性血管内凝血而致全身皮肤和各脏器出血儿死亡，预后较差。
2.伤寒(typhoid fever)是由伤寒杆菌引起的急性肠道传染病，以持续的菌血症与毒血症，单核吞噬细胞系统的增生性反应，以回肠下段淋巴组织为主的增生、肿胀、坏死与溃疡形成为基本病理特征，典型的临床表现包括持续高热，全身中毒性症状与消化道症状、相对缓脉，玫瑰疹、肝脾肿大，白细胞减少，本病又称为肠热病。
3.结核病是由结核杆菌引起的一种慢性传染病。主要经呼吸道传染。全身各器官均可发生，但以肺结核最为多见。其病变特征是结核结节形成并伴有不同程度的干酪样坏死。